9 июня 1948 года на ФГУП «ПО «Маяк» был пущен первый в стране уран-графитовый промышленный реактор А «Аннушка».
За годы существования предприятия в разное время работали десять промышленных реакторов, два из которых эксплуатируются в настоящее время.
Современная миссия завода заключается в производстве продукции Государственного оборонного заказа и коммерческой изотопной продукции. Оба действующих реактора легководный РУСЛАН (введен в эксплуатацию в марте 1982 года) и тяжеловодный ЛФ-2 («Людмила») (введен в эксплуатацию в мае 1988 года) – обладают уникальными нейтронно-физическими характеристиками и большими облучательными объемами, позволяющими получать радиоактивные изотопы широкой номенклатуры.
На обоих реакторах завершен этап конверсии. Реактор ЛФ-2 в настоящее время в значительной степени ориентирован на наработку коммерческих радиоактивных изотопов для производства источников ионизирующих излучений и радионуклидных препаратов. Реакторный завод продолжает проводить радиационное облучение полимерных материалов.